按干细胞的分化潜能可分为：全能干细胞、亚全能干细胞、多能干细胞和专能干细胞。
按干细胞在胚胎发育的不同阶段可分为：胚胎干细胞和成体干细胞。 按干细胞分化形成的组织类型可分为：造血干细胞、间充质干细胞、神经干细胞、肌肉干细胞和脂肪干细胞等。